Sein Sohn, Amenophis IV. erklärte Aton zum alleinigen Gott und baute zu dessen Ehren eine neue Hauptstadt, Achetaten "Horizont des Aton" (heutiges Tell El-Amarna). Gleichzeitig änderte er seinen Namen und nannte sich fortan Echnaton "Ruhm des Aton". Diese grundlegende Umstrukturierung der über Jahrhunderte gewachsenen Religion brachte Probleme mit sich. Die Priesterschaft fürchtete um ihre Macht und lehnte sich dagegen auf. Ob das Volk direkt betroffen war, lässt sich bezweifeln, vor allem auch weil nur Echnaton und Nofretete, seine Gemahlin, und die Priesterschaft Zugang zu Aton hatten.

Nach dem Tode Echnatons ging der Aton-Kult sehr schnell zu Ende und die früheren Götter erlangten wieder ihre ehemalige Bedeutung. Memphis wurde wieder zur Hauptstadt und Achetaten verkam zur Geisterstadt, die teilweise gezielt zerstört wurde.